Primeiro nome já garantido na lista da Copa do Mundo, Danilo disputou apenas seis jogos oficiais em 2026. O defensor não saiu do banco na derrota do Flamengo para o Corinthians na Supercopa do Brasil, em fevereiro. Depois, atuou os 90 minutos contra o Sampaio Corrêa, pelo Campeonato Carioca, ficou fora diante do Vitória e voltou a jogar uma partida completa contra o Botafogo.

Ele ainda entrou em campo nos confrontos com Madureira e Lanús, mas, na sequência, passou cinco jogos consecutivos no banco de reservas antes de retornar como titular no empate novamente contra o Corinthians. Contra a Croácia, Danilo fez seu sexto jogo no ano, saindo do banco de reservas.